Например у вас есть некое изображение, состоящее из нескольких слоев, среди которых есть и такие, которые с эффектами. Вам хочется сделать так, чтобы от всей этой группы отбрасывалась тень как от целого объекта. Вот тут вам поможет Smart Object - выделяете эту группу, конвертите ее в смарт, а к нему, как к обычному слою применяете уже Drop Shadow. И другие эффекты. Внутри смарта можете редактировать имеющиеся там.
Или такой пример. Выбранный шрифт не имеет стиля Medium, а Bold не катит. Добавляете эффект Stroke, в 1 пиксел наружу, конвертите текстовый слой в смарт, и с помощью эффекта Color Overlay заливаете его нужным цветом. Корявенько, но работает. Толстая обводка добавляется в этом случае, когда надо под текст сделать подложку в виде его же но с широкой эквидистантой, к которой применить эффекты типа Bevel&Emboss.
Что касается убития эффектов с применением к слою, это просто, да: создаете над нужным слоем новый пустой слой и командуете Merge Down: Ctrl+Shift+N > Ctrl+E. Готово.
