Во-первых, «Если подписать любой из DOCTYPE», то «ие ячейку таблицы, которая width="1000" height="625" фиксирует с такими размерами» прекрасно. Равно как и без указания какого-либо DOCTYPE.

Во-вторых, Ваша «проблема в иe c padding-left: 50px, которая приводит к меньшей длине слоя» – это есть ни что иное, как следствие режима [Только зарегистрированные пользователи могут видеть ссылки. ] (из-за отсутствия объявления !DOCTYPE). В этом режиме рендеринга поля, бордеры и отступы всех элементов в IE рассчитываются не «наружу» (как положено по стандартам и как поступают все другие нормальные браузеры), а «внутрь» (как НЕ положено по стандартам).

можно пару примеров что здесь ни так, если конечно вам не сложно
Там у Вас всё «ни так». Начиная с того, что атрибута height у элемента <table>...</table> не существует [Только зарегистрированные пользователи могут видеть ссылки. ] и заканчивая тем, что таблице там вообще [Только зарегистрированные пользователи могут видеть ссылки. ].

Возможно, что Вам интересно будет узнать о том, что «верстки сайта на слоях», равно как и «верстки сайта на таблицах», в природе не существует. Существует «синтаксически и семантически корректная структурная разметка» и «говнокод».

центровать верстку сайта по центру экрана (по горизонтали и по вертикали)
Если Вы хотя бы немного представляете себе, что такое HTML, то Вы должны понимать, что «ложки нет». Т.е. у Вашего пользователя нет никакого экрана. HTML – это не привязанный к платформе язык. Например, браузер для слепых не показывает текст, а читает его...