Для градиентной прозрачности слоя с изображением используйте слоевую маску, в которой сразу можете рисовать градиент в любом направлении и любой формы. То есть, готовить градиент в быстрой маске нет никакой нужды. Чтобы увидеть что изображено в быстрой маске нажмите (обратный слэш), чтобы отключить визуализацию - снова . Деактивировать маску - Shift+Click на иконке маски. Таким образом визуализировав слоевую маску и деактивировав ее, вы сможете создать в ней нужно изображение для маскирования, наблюдая сквозь полупрозрачное изображение маски изображение слоя к которому она применена. Настройка цвета слоевой маски и ее прозрачности - двойной щелчок по ее иконке.

Вы можете использовать также Clipping Group. Для этого создайте Gradient Layer с градиентом прозрачности под целевым слоем, и сгруппируйте целевой слой с ним. Ctrl+G (Ctrl+Shift+G - ungroup). Поскольку fill layer'ы не ограничены ничем кроме границ документа, то, придется добавить векторную маску к слою с градиентом - прямоугольник с габаритами целевого слоя. Этот способ, на самом деле, применяется тогда, когда нужно смешать какое-то изображение с готовой формой в fill layer'е, например с текстом. Причем, вы можете применять к этому слою эффекты, и переключением опций Blend Interior Effect as Group и Blend Clipped Layers as Group добиваться нужного смешения с эффектами.

phantom, Overlay gradient, как и следует из названия - кроющий градиент, то есть, opaque effect, то есть, эффект которы генерит непрозрачные пикселы. Следовательно если под его пикселами будут пикселы того слоя, к которому он применен, то они и будут видны там, где у градиента непрозрачность пикселов меньше 100. То есть, если у вас нет еще opaque эффектов на этом слое, вы должны уменьшить параметр fill до 0. О чем и было ранее сказано.