Пиксельные слои могут перемещаться в документе с точностью до пиксела, а направляющие плавают в 1/10 пиксела, как векторные пути - также. Поэтому использовать направляющие вообще стало проблематично. Кроме того, в Фотошопе выравнивание двигает только связанные слои, то есть, выбранный слой является анкером и не двигается при выравнивании. Относительно документа - как уже сказано было - по селекции.