К сожалению через c-panel не работаю, но вот через Unix Shell приходится. Значится так, все возможности с работой прав и т.д. я с удовольствием перкладываю на php скрипт, потому как ему всё равно отробатывать, так зачем два раза гонять. Теперь по cron..

Поехали :

crontab -l # смотрим, а что же там в кроне ... пусто ... тады

crontab -e # Вышли в редактор для редактирования крон ... Пишем :

1 0 1 * * /usr/local/bin/php4 -q /home/user/www/myscript.php # Чего это значит ?

# Минута Час День Месяц Год ... моя запись говорит, что каждую первую минтут, каждого первого числа, каждого месяца далее указываем где находится обработчик php ... даём режим без вывода (-q) и полный путь до нашего скрипта ...

Если через crontab -e не получается или криво как-то, можно попробовать
crontab /home/user/www/mycrontab # где файл mycrontab - это текстовый файл с конфигурацией, которуб предварительно куда надо положили ...