Кстати сам столкнулся с такой проблемой. Нашел выход, кому интересно :

Когда коннектимся к базе, подаем запрос :

Код:
mysql_connect('localhot','user','pass');
mysql_select_db('base')
mysql_query("SET NAMES 1251");
Теперь по умолчанию база будет отдавать нам в кодировке 1251