1. Флеш. А чего там выдумывать, как обычно:
<object type="application/x-shockwave-flash" data="swf.swf" width="100" height="100">
<param name="movie" value="swf.swf" />
</object>
А далее этот объект можно хоть в див, хоть куда помещать.
При желании можно высоту и ширину в CSS прописать, так даже лучше будет…

2. Пиктограмма. У меня в закладках она есть (но это в Opera), наверно имелось в виду закладки Internet Explorer. Попробуйте сделать вот что:

— прописать путь к значку так:
<link rel="shortcut icon" href="/makets/romazanova.com/favicon.ico" type="image/x-icon" />

— и сразу встречный вопрос: у вас иконка только 32x32? Если, да то обязательно надо сделать 16х16, можно в одном файле хранить 32х32 и16х16, потому как интернет эксплорер способен нормально обрабатывать пиктограммы размером 16х16.

3. Фотогалерея. Как делать фотогалерею решать Вам ;-). Но раз уж было решено верстать на слоях, то и сделать надо бы ее на слоях :-)