Пишу все в одном, без всяких папок и т.п.
Просто кое-где оставляю камменты =)
А вообще структура такая:
Сначала описываю общие какие-то вещи, типа body, h1, h2, p, фонты всякие прописываю и т.п.
Потом какие-то основные дивы, типа #container - в котором все содержится (если он нужен конечно)
И далее сверху вниз, что на сайте... (например: меню, шапка, контент, футер)
Если на разных страницах - разные вещи, либо просто делаю несколько пустых стрко и описываю следущую страницу, либо же оставляю коммент и описываю страницу...
Всем ИД и классам стараюсь давать интуитивно-понятные названия...
