Вы, наверное, задаете размер шрифта в px? Если да, то ответ простой: px- это относительная единица измерения, поэтому она меняется при использовании функции "изменить размер шрифта" в правильном браузере.. А IE "не знает", что это относительная единица измерения, и поэтому никак не реагирует на функцию "изменить размер шрифта"..
