Вобще-то для ИнноДБ логичнее было бы использовать mysqli расширение, позволяющее нормально использовать транзакции и пр.
Там можно выключить autocommit, затем можно выполнять кучу любых действий, типо удаления записей, добавления 7 тыс строк, других модификаций, а затем один раз вызвать mysqli_commit - и все ваши запросы будут одной транзакцией и выполнятся быстро.
А использовать иннодб и при этом каждый запрос - это отдельная транзакция, тогда зачем нужна иннодб??
