я делала после автоматической замены RGB CMYKом автоматическую замену цветов точно таким же образом. Например, все черные корел заменил на одинаковый составной CMYK. Далее берем этот цвет и меняет его на 100%К. Правда не знаю как быть, если много разных оттенков в документе. Ведь желтый RGB не станет 100%Y при автоматической замене, а будет какой-нибудь серо-буро-малиновый CMYK.
Только вручную можно будет цвета поправить в данном случае.