Для таких целей существует маска
Вот она на панели Layers (Слои)
[Только зарегистрированные пользователи могут видеть ссылки. ]
Выбери нужный слой и нажми на эту кнопочку. И заливай как тебе нужно градиентом. Так как маска это по сути альфаканал, то возможно использование только градиента черного и белого, где черный это прозрачные пиксели, а белый непрозрачные. Можно с таким же результатом использовать и градиент от черного к прозрачному, так как белый по сути ни на что не влияет.
