Основные проблемы такие:
1. Большие размеры файла. Flash может быть маленьким по объёму, но нужно это контроллировать, не нужно давать полную волю фантазии, иначе ваш сайт будут смотреть только обладатели широких каналов связи.
2. Обновление. Нужно при создании сайта задуматься как вы будете его обновлять. Лучше если это будет через внешние данные, которые потом будут загружаться во flash-ролик.
3. Тянучесть или резиновость ролика. Очень часто делают фиксированные размеры, забывая о том, что у всех разные расширения.
4. Проблемы с различными версиями flash-плееров. Желательно делать под (текущую версию -2), например сейчас 9-я версия в ходу flash-плеера значит надо делать под 7-ю.
5. Проблемы со шрифтами. Ну тут много чего описывать.
6. С растром тоже огромное количество проблем.
7. С нагрузкой на процессор.
8. ещё много чего
