конверт (export), либо принт в pdf вообще вешь не очень оличающаяся качеством. Если необходимо в итоге получить pdf то лучше печатать в postscript а затем уже конвертировать при помощи дистилера (при таком варианте можно и размер pdf'a уменьшать дабы не боясь отсылать заказчику на утверждение). Если возникают проблемы с цветом то тут может быть масса причин:
1. внедрен цветовой профиль в линки.
2. в итоговый файл внедрен цветовой профиль.
3. и т.д. и т.д.
и лучще линки все же делать не .pdf а .eps
