Размеры не заголовку, а ссылке задавайте... + display: block; для ссылки...

Код:
#header {position: relative;}
#header h1 {background: url(../img/logo.gif) no-repeat; position: absolute; left: X px; top: Y px;}
#header h1 a {text-indent: -9000px; display: block; width: N px; height: M px; overflow: hidden;}
Например...