Что значит "оказались"? Вы pdf проверяли перед сдачей? Advanced->Preflight?
Какой файл передали, такой и должен был придти, от способа передачи это не зависит. Если Префлайт показывает вместо Серого - ЦМИК, значит ваша ошибка, если нет - типографии. А вообще распечатку надо давать на производство вместе с файлами, будет легче.
