Кажется Вы не очень понимаете о чем идет речь Что значит "проиндексировать сайт"?
Для воздания "облака тегов" каждый материал на сайте должен обладать набором этих самых тегов (т. е. материалы в базе данных вашего сайта должны быть связаны с тегами). По базе формируйте облако, давая различным тегам классы, зависящие от количества материалов, популярности и чего вы там еще хотите. Вот и всё.