В IE6 всегда есть глюки. В данном конкретном случае скорее всего это происходит из-за minmax.js (он иногда здорово притормаживает). Можно попробовать не подключать этот скрипт и прописать нужные экспрешшены вручную (непосредственно в CSS). Еще одна причина может заключаться в абсолютном позиционировании футера. На сегодняшний день рекомендую для футера другой метод размещения – отрицательный верхний margin.
