В данном случае Firefox, равно как и любой другой нормальный браузер, ведет себя именно так, как и положено по стандартам (учитывая заданные CSS-инструкции). А в IE мы наблюдаем ни что иное как очередной баг этого браузера (как бы Вам это его поведение ни нравилось).
Для того, чтобы «две колонки были независимы по вертикальному выравниванию» в первую очередь надо чтобы эти две колонки были. У Вас же их попросту не существует: все брифы валятся в одну кучу с использованием float: left. При этом каждому нечетному брифу задается clear: both, поскольку в противном случае вообще получится полная каша. Ну и как следствие (из-за clear: both) в нормальных браузерах получается «выравнивание кубиков по их началу слева и справа».
Как это ни печально, в данном случае в CSS «подправить» ничего нельзя. Можно только кардинально пересмотреть визуальное представление Ваших брифов и переверстать их таким образом, чтобы необходимые Вам колонки существовали не виртуально, а реально.
