Простите за банальность, вы всегда позволяете пользователям исполнять код?
Может быть помещена команда на запись шела (десятисимвольный такой <?=`c`;?> ), вывод полного пути, выставление прав уровня сервера, вывод любого файла конфигурации, после чего рутануть тачку будет несложно.
не хотите переписывать - не надо, просто дайте ссылку на ваш сайт, но все же посоветую обрезать substr'ом все ненужное
