Вам ведь сказали уже.

1.Либо везде однородные кавычки.
2.Либо экранировать.

Вот так выгледит экранирование.

<?php

$footer="


</td></tr>
<tr><td height=&#39;10px&#39; align=&#39;center&#39;>Заключаем договора с организациями и физическими лицами на наличный и безналичный расчет</td></tr>
<tr><td height=&#39;10px&#39; align=&#39;center&#39;>Центральный офис: ул. Ново-садовая, 126 | телефон 993-66-66, 334-07-70 | факс 334-84-78 | [Только зарегистрированные пользователи могут видеть ссылки. ]</td></tr>
<tr><td class=&#39;main_bottom&#39;></td></tr>
</table>
<script type="text/javascript"><!--
document.write("<a href=&#39;[Только зарегистрированные пользователи могут видеть ссылки. ] "+
"target=_blank><img src=&#39;http://counter.yadro.ru/hit?t26.5;r"+
escape(document.referrer)+((typeof(screen)=="undef ined")?"":
";s"+screen.width+"*"+screen.height+"*"+(screen.co lorDepth?
screen.colorDepth:screen.pixelDepth))+";u"+escape( document.URL)+
";"+Math.random()+
"&#39; alt=&#39;&#39; title=&#39;LiveInternet: показано число посетителей за"+
" сегодня&#39; "+
"border=0 width=88 height=15></a>")//--></script>

</body>
</html>";

echo $footer;

?>