В динамике не запускается окно о выборе браузера.
Тут причина в том, что в отличие от статики в динамической версии у вас почему-то вылезает ошибка в скрипте следующего содержания: $.reject is not a function при запуске $.reject(). Как следствие, «не запускается окно о выборе браузера». При поверхностном осмотре причину ошибки мне обнаружить не удалось (вроде бы все библиотеки и модули подключаются правильно). На более детальный анализ, к сожалению, нет времени.

Фон под поиком съехал вверх (похоже).
Это действительно наблюдается в IE6 и IE7. Да и в IE8 далеко не все в порядке по сравнению с другими браузерами. Тем не менее, удивляться этому совершенно не приходится, т.к. у вас в коде одних только синтаксических ошибок 245 штук. Уж не знаю, что и как там у вас отображается на локальной машине, но при таком раскладе весьма проблематично добиться кроссбраузерности в принципе. К сожалению, не специализируюсь на подобных методах верстки.