Подскажите, как в фотошопе можно (и можно ли вообще?) заменить один цвет на другой?
Можно. Тебе дорога в Image>Adjustments>Replace Color. ДУмаю разберёшься(ты же Диджитал маньяк ).

А вот с прозрачностью проблем есть. Там по краям наверняка смягчение происходит и есть на границе кусочки серого цвета.
Так что ДЕЛАЙТЕ ЛОГОТИПЫ В КОРЕЛЕ. )