<select> - это "оконный" элемент и имеет бесконечный z-index; накрыть его можно только другим оконным элементом.
Если речь идет о том, чтобы накрыть <select> "обычным" слоем (а не оконным элементом), то единственным решением такой проблемы будет прятать нижний слой с <select>-ом при его пересечении с верхним слоем.
Если слой должен накрывать <select> не полностью, решение задачи становится громоздким и неестественным, поэтому зачастую проще изменить структуру дизайна, чем добиваться решения данной проблемы любой ценой.